Все ок! С небольшим минусом...

На самом деле все работает! Книгу открыл в fb2 в Documents, передал в конвертер, и снова открыл в iBooks ! Косяк при удалении ненужных файлов - в списке файлов самый верхний закрыт верхней частью окна, и соответственно недоступен для удаления. (iPhone 6) Или все дело в оптимизации под ios8 или под разрешение дисплея iphone 6...

Iturup about Fb2-to-ePub, v1.3